ويقع المسجد في قلب حي الكوت التاريخي بمدينة الهفوف بمحافظة الأحساء في المنطقة الشرقية، على بُعد نحو 200 متر شرق مقبرة الكوت، ونحو 390 مترًا جنوب غرب قصر إبراهيم, ويتميّز موقعه بقربه من بيت الشيخ أبو بكر ومدارسه الشرعية التي احتضنت حلقات تدريس العلوم الشرعية واللغة العربية؛ مما يعكس ارتباط المسجد بالمسيرة العلمية في المنطقة.
يعود لنحو 3 قرون.. مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية يجدد مسجد الشيخ أبو بكر بالهفوف
